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由于primer软件虽然可以调控出较为优质的定量引物 但是由于繁琐的过程，以及最后的基因blast，导致在设计多个基因多条引物的时候需要消耗掉大量时间 因此合理运用NCBI直接生成所需要的引物，是一个非常效率的方法 以成脂标志基因PPARγ为例 首选需要找到这个基因和这个基因所属的物种（我以牛为例） 搜索后列表中第一个即可 CTRL+F 搜索Genbank 进入 此界面是目的基因信息 由于基因定量需要用到RNA反转录成的cDNA 所以设计基因定量引物则需要在mRNA上进行 可能某些基因有多个转录本mRNA（可变剪接）存在，但是如无必要，选第一个即可 点击transcript_id：后的链接 进入的页面就是mRNA序列页面，这其中包括不编码蛋白的5’UTR和3‘UTR 搜寻pick primer直接点击进入 基因定量引物的设计理念很简单 一般是退火温度要求在60°左右；80-200bp的序列长度；序列要跨基因外显子；不要有错配（如果要做绝对定量，则要试验出引物最佳退火温度） 物种已经选好，并且选择mRNA库进行blast 因此配置如上图所示，生成 结果如图： 由 ...

此材料仅用与学习，不作任何商业用途，为解决谷歌学术登录困难，SCI期刊网站速度慢等问题 通过搭建V2ray节点来科学上网 准备事项： 1.Xshell 下载链接：https://xshell.en.softonic.com/ 2.V2ray 下载链接：https://www.v2ray.com/chapter_00/install.html 3.远程服务器：阿里云（新加坡、香港节点）或 vultr：https://www.vultr.com/?ref=8767843 （我这里用的是 vultr） Xshell用于登录远程服务器，V2ray在远程服务器中搭建后，在PC或安卓端安装后可进行科学上网，vultr购买云服务器 5美金一个月 第一步： vultr的购买，个人比较倾向于vultr，因为节点都是国外的，可选择的多，但一般还是选择日本，这样速度快一些 阿里云的新加坡、香港节点也可以，但是上不了DMM挺可惜 并且vultr有个优点是服务器想构建几个都行，很便宜，每次构建的金额很低，并且可以随时删除；但是构建完成后每个服务器都会按小时收费 5美金一个月是指单个服务器一个月的运行成本 ...

想要做基因的染色体定位，陈程杰大神的TBtools直接能够实现 直接搜索Gene location 选择Gene Location Visualize from GTF/GFF 进入后界面如下 一次要录入的是 基因组注释文件 基因名称文件 基因重复对文件（可不录入） 基因颜色文件（可选） 更名文件（可选） 拖放包含染色体热图数据的文件（可不选） 基因组注释文件获取 推荐Ensembl http://asia.ensembl.org/info/data/ftp/index.html 搜索仔细需要的物种 点击GTF 下载倒数第三个 基因名称文件制作 录入格式是Gene_ID,在Ensembl的GTF注释文件中Gene_ID的表现格式是这样的 如果gene ID有重复 这进行基因重复对文件构建 录入格式也为TXT即可 类似于这样的录入方式即可 剩余的颜色，ID转换等文件录入方式与上面一致 都是‘基因ID’+‘TAB’+‘内容’ 例如：我的gene ID的名字需要更换，所以 将gene_ID更换为数字，其实更换为office gene symbol name也可以 然后点 ...

NCBI的blast是直接可以生成引物 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 点击 Primer-blast 界面如下 需要关注的地方不多，一一讲解 首先是启动子引物设计： 找到基因序列 要求不高，物种正确，第一个即可 进入后搜索：gene bank 点击进去后如下 启动子有个默认的规则是 在基因转录起始位点前方2000bp左右 因此 直接修改region 向前2300bp左右 复制1-2800bp的序列 点击pick primer 如果需要将启动子潜在的位点2000bp全部克隆下来，我们则需要再2300-2000bp左右设计上游引物；下游引物在2000bp后 因此!删除原有内容，直接复制，然后设置获得引物的区间 其余参数如下： PCR product size Min：2000 Max:2500 Database: 需要关注的点在产物长度，和primer比对时的数据库，由于启动子在基因组(提取DNA克隆)上；因此选用全基因组数据库进行引物特异性检测 生成 出来的都是在基因组上特异性较好的引物了，自己挑选

hexo版本3.7.8 用的是Typora编辑博客内容 也遇到了本地博客无法生成图片的问题 兜兜转转了好几遍，找到了问题 首先是插件 默认代码 npm install hexo-asset-image –save 在node_modules安装了一个挺老的版本但无所谓 然后就是_config.yml中 改post_asset_folder:为 true 最后，我们需要调试Typora的偏好设置；设置结果如下！ 结合Typora设置+hexo设置即可解决本地图片不显示问题！

RNAhybrid的安装 #下载 wget -c https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/applications/rnahybrid/resources/downloads/RNAhybrid-2.1.2.tar.gz #解压（filename**.tar.gz**的解压:） tar -zxvf RNAhybrid-2.1.2.tar.gz #进入文件夹 cd RNAhybrid-2.1.2 ./configuremake install #配置、制作和安装 RNAhybrid。 要为 RNAhybrid 启用图形输出，您需要 ps 格式的库 g2 和 png 和 jpg 格式的 g2 和 gd。 如果没有这些库，只支持文本输出。 #RNAhybrid的使用比较简单但是事先需准备好：1.目标物种的3‘UTR的.fa文件及目标物种的所有miRNA的.fa文件 RNAhybrid的运行参数-b #意思是一个miRNA和一个target sequence的某一段序列匹配情况最多列出几次，比如一个miRNA和一个target sequen ...

Welcome to Hexo! This is your very first post. Check documentation for more info. If you get any problems when using Hexo, you can find the answer in troubleshooting or you can ask me on GitHub. Quick StartCreate a new post1$ hexo new "My New Post" More info: Writing Run server1$ hexo server More info: Server Generate static files1$ hexo generate More info: Generating Deploy to remote sites1$ hexo deploy More info: Deployment