利用NCBI效率的生成基因定量引物
由于primer软件虽然可以调控出较为优质的定量引物
但是由于繁琐的过程,以及最后的基因blast,导致在设计多个基因多条引物的时候需要消耗掉大量时间
因此合理运用NCBI直接生成所需要的引物,是一个非常效率的方法
以成脂标志基因PPARγ为例
首选需要找到这个基因和这个基因所属的物种(我以牛为例)

搜索后列表中第一个即可

CTRL+F 搜索Genbank 进入


此界面是目的基因信息
由于基因定量需要用到RNA反转录成的cDNA
所以设计基因定量引物则需要在mRNA上进行

可能某些基因有多个转录本mRNA(可变剪接)存在,但是如无必要,选第一个即可
点击transcript_id:后的链接
进入的页面就是mRNA序列页面,这其中包括不编码蛋白的5’UTR和3‘UTR

搜寻pick primer直接点击进入
基因定量引物的设计理念很简单
一般是退火温度要求在60°左右;80-200bp的序列长度;序列要跨基因外显子;不要有错配(如果要做绝对定量,则要试验出引物最佳退火温度)


物种已经选好,并且选择mRNA库进行blast


因此配置如上图所示,生成
结果如图:

由图可知:
primer6;primer9;primer8 跨外显子


再看引物互补指数(越低越好)
因此 primer6;primer9 都可以用于基因定量
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