序列蛋白初级分析流程，验证则需进行实验

1.通过NCBI中的BLAST模块将克隆所得的牛XXX基因序列进行同源性比对

同源对比可见”系统进化树构建“：https://wsz1207.github.io/2021/07/12/%E7%B3%BB%E7%BB%9F%E8%BF%9B%E5%8C%96%E6%A0%91%E6%9E%84%E5%BB%BA/

2.运用在线工具ProtPram 分析XXX的蛋白质理化性质；

ProtParam能做什么？

  1. 基于蛋白质序列的组分分析；

  2. 氨基酸亲疏水性等分析为高级结构预测提供参考。

    网址：https://www.expasy.org/

    打开后CTRL+F 搜索ProtParam

    image-20211217091630145![image-20211217091646533]

进入

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结果解析

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3.ProtScal 分析蛋白质的亲疏水性；

一样在 expasy界面 打开后CTRL+F 搜索ProtScal

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继续输入蛋白序列，没差别，界面默认即可

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呈上

蛋白的氨基酸序列决定了它的亲水性/疏水性，亲疏水性决定了它在水中的可溶解性，一般高度可溶的蛋白质都是亲水性的部分裸露在最外面，疏水性的在内部。

可以推测可能的跨膜区，看看是不是膜蛋白

启下

4.运用TMpred 预测蛋白质跨膜区和跨膜方向；

https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TMHMM-2.0

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代表无跨膜螺旋区

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5.NetPhos 3.1 Server 预测XXX中潜在的磷酸化位点；

​ 蛋白磷酸化是一种非常普遍存在的翻译后修饰（Protein post-translational modification，PTM）的一种类型。蛋白质的磷酸化是通过酶促反应将磷酸基团转移到蛋白组氨基酸残基上的过程，在生物体内普遍存在，蛋白质的磷酸化与去磷酸化这一可逆过程几乎参与了生命活动的所有过程，与信号传导、细胞周期、生长发育、癌症发生发展等密切相关。
​ ATP和ADP的相互转化应该是我们生物学习中最早接触的磷酸化和去磷酸化了，也是目前最主要的信号转导方式。基于磷酸化的重要性和普遍性，可以说是目前研究最广泛的修饰类型。指由蛋白质激酶催化的把ATP的磷酸基转移到底物蛋白质氨基酸残基（丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸）上的过程，或者在信号作用下结合GTP，是生物体一种普遍的调节方式，在细胞信号转导的过程中起重要作用。它可以快速且可逆地调控信号传递功能，包括催化活性、蛋白质-蛋白质相互作用等。
磷酸化主要集中在丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸 残基上，这些残基上具有游离的羟基，且本身不带电荷，当磷酸化后蛋白质便具有了电荷，从而使结构发生变化，进一步引起蛋白质活性的变化。（来源：百度）

​ 工具：NetPhos 3.1网址：https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?NetPhos-3.1

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：分析的氨基酸位置（磷酸化位点）

x：氨基酸（磷酸化）简写
Context：包含分析位点的9个氨基酸序列
Score：结果打分（0-1），一般高于0.5则为阳性结果
Kinase：激酶信息，unsp表示没有特异性激酶预测结果
Answer：Yes表示阳性结果，即打分高于0.5

6.运用SOPMA 分析牛XXX蛋白的二级结构；

7.运用SWISSMODEL 分析XXX蛋白的三级空间构型。