miRanda预测miRNA结合位点

首先下载，官网找

https://www.cs.kent.ac.uk/people/staff/dat/miranda/

输入文件miRNA.fa gene.fa

linux版本

wget http://cbio.mskcc.org/microrna_data/miRanda-aug2010.tar.gz
tar -xzvf miRanda-aug2010.tar.gz
cd miRanda-3.3a 
./configure 
--prefix=/home/wangshuzhe/miRanda2010/miRanda-3.3a #--prefix最好设置为当前文件夹的路径
make install 

miranda Bos_All-miRNA.fa TCONS_00009489.fa -out All_miRNA.expressed.fa.out.0 -sc 150.0 -en -30 -scale 4.0 -go -2.0 -ge -8.0 -quiet
#从中提取出关键信息
grep '>' All_miRNA.expressed.fa.out.0 >All_miRNA.expressed.fa.out.0.miRanda.aln
#最后得到的文件即为miRNA与靶基因，最后将结果输入cytoscape画网络图。

miranda Bos_All-miRNA.fa TCONS_00009489.fa -out All_miRNA.expressed.fa.out.0 -sc 150.0 -en -20 -scale 4.0 -go -2.0 -ge -8.0 -quiet
#从中提取出关键信息
grep '>' All_miRNA.expressed.fa.out.0 >All_miRNA.expressed.fa.out.0.miRanda.aln
#最后得到的文件即为miRNA与靶基因，最后将结果输入cytoscape画网络图。

提取结果

miranda Bos_All-miRNA.fa circMYH2.fa -out circMYH2.fa.out.0 -sc 140.0 -en -25 -scale 4.0 -go -2.0 -ge -8.0 -quiet

grep ‘>’ circMYH2.fa.out.0 >circMYH2.fa.out.0.miRanda.aln