基因染色体定位
想要做基因的染色体定位,陈程杰大神的TBtools直接能够实现
直接搜索Gene location 选择Gene Location Visualize from GTF/GFF
进入后界面如下
一次要录入的是
基因组注释文件
基因名称文件
基因重复对文件(可不录入)
基因颜色文件(可选)
更名文件(可选)
拖放包含染色体热图数据的文件(可不选)
基因组注释文件获取
推荐Ensembl http://asia.ensembl.org/info/data/ftp/index.html
搜索仔细需要的物种
下载倒数第三个
基因名称文件制作
录入格式是Gene_ID,在Ensembl的GTF注释文件中Gene_ID的表现格式是这样的
如果gene ID有重复
这进行基因重复对文件构建
录入格式也为TXT即可
类似于这样的录入方式即可
剩余的颜色,ID转换等文件录入方式与上面一致
都是‘基因ID’+‘TAB’+‘内容’
例如:我的gene ID的名字需要更换,所以
将gene_ID更换为数字,其实更换为office gene symbol name也可以
然后点击star
基础的定位图片生成完毕
其余想要更改出自己中意的图请修改‘基因颜色文件’及图内设置
方法同理
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