想要做基因的染色体定位,陈程杰大神的TBtools直接能够实现

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直接搜索Gene location 选择Gene Location Visualize from GTF/GFF

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进入后界面如下

一次要录入的是

基因组注释文件

基因名称文件

基因重复对文件(可不录入)

基因颜色文件(可选)

更名文件(可选)

拖放包含染色体热图数据的文件(可不选)


基因组注释文件获取

推荐Ensembl http://asia.ensembl.org/info/data/ftp/index.html

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搜索仔细需要的物种

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点击GTFimage-20210704124846677

下载倒数第三个


基因名称文件制作

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录入格式是Gene_ID,在Ensembl的GTF注释文件中Gene_ID的表现格式是这样的

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如果gene ID有重复

这进行基因重复对文件构建

录入格式也为TXT即可

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类似于这样的录入方式即可


剩余的颜色,ID转换等文件录入方式与上面一致

都是‘基因ID’+‘TAB’+‘内容’

例如:我的gene ID的名字需要更换,所以

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将gene_ID更换为数字,其实更换为office gene symbol name也可以

然后点击star

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基础的定位图片生成完毕

其余想要更改出自己中意的图请修改‘基因颜色文件’及图内设置

方法同理