RNAhybrid的安装

#下载

wget -c https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/applications/rnahybrid/resources/downloads/RNAhybrid-2.1.2.tar.gz

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#解压（filename**.tar.gz**的解压:）

tar -zxvf RNAhybrid-2.1.2.tar.gz

#进入文件夹

cd RNAhybrid-2.1.2

./configure
make install

#配置、制作和安装 RNAhybrid。 要为 RNAhybrid 启用图形输出，您需要 ps 格式的库 g2 和 png 和 jpg 格式的 g2 和 gd。 如果没有这些库，只支持文本输出。

#RNAhybrid的使用比较简单但是事先需准备好：1.目标物种的3‘UTR的.fa文件及目标物种的所有miRNA的.fa文件

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RNAhybrid的运行参数
-b #意思是一个miRNA和一个target sequence的某一段序列匹配情况最多列出几次，比如一个miRNA和一个target sequence的某一段序列匹配存在多种情况，则-b 1就是列出最优的匹配情况，一般选1就比较好。这个最终得到的数目也与的设定值有关。
-c compact output #使用这个参数，每一个匹配只会显示一行输出。如果只想知道结果是否与RNAhybrid校准的结果相同，建议使用这个参数。
-d , #位置和形状参数
-f helix constraint #
-h help
-m
-n
-u <max internal loop size (per side)> #内部成环的错配碱基的个数，使用-u 0，将得到完全没有错配碱基内部成环的结构。
-v #internal loop是两条链都没有结合位点的内部环，而bulge loop是某一条上多出的碱基的突出
-e #两条序列匹配的最低自由能，先设置 -e -30看看效果。
-p
-s (3utr_fly|3utr_worm|3utr_human) #用于极值分布参数的快速估计，你可以选择nothing,3utr_fly, 3utr_worm和3utr_human来更好的匹配这些物种。你不能同时使用helix constrain和approximate p-value这两个参数。
-g (ps|png|jpg|all) #图片输出的格式，有ps,png,jpg或者all四个选项
-t #fasta格式的target gene文件
-q #fasta格式的miRNA文件

#RNAhybrid linux端的运行只需一行代码，较为简单基础代码如下，并且可根据自身需要调试

RNAhybrid -f 2,7 -d 1.9,0.28 -e -25 -v 1 -u 1 -t Bos_tur_All_3’UTR.fa -q Bos_All-miRNA.fa>RNAhybrid_result

#如果是整个物种的3’UTR和所有miRNA进行匹配，速度较慢请耐心等待

#但一般情况是某一基因的3’UTR和所有miRNA进行匹配，这种结果一般是几秒钟就出来了（跟服务器的性能有关）

#最终的结果可以用

cat RNAhybrid_result

或是导出查看